Apelern wurde zum ersten mal 866 n. Chr. urkundlich erwähnt. Der Name bedeutet in etwa „bei den Apfelbäumen“ oder „zu den Apfelbäumen“.

Aus der Kirchengeschichte wird berichtet, dass Karl der Große um 780 in Lippspringe die Christianisierung den Geistlichen aus Franken
übertrug. Diese errichteten in der heidnischen Malstadt eine Tauf- und Andachtskirche, die zunächst aus Holz bestand.
Unter der Herrschaft der Billunger entstand um die Jahrtausendwende die erste Steinkirche. Im frühen Mittelalter war Apelern Archidiakonatssitz des Bistums Minden. Die zweischiffige, dreijochige gotische Hallenkirche geht auf einen romanischen Bau von 1162 zurück. Heute gehört das Kirchspiel Apelern der evangelisch lutherischen Kirche an.
Die Begräbnisstätte der Familie von Münchhausen am Turm der Kirche ist mit frühbarocken Beschlagornamenten, Arkaturen und Wappen geschmückt.

Das Adelsgeschlecht derer von Münchhausen ist nach wie vor in Apelern beheimatet. Das Wasserschloss v. Münchhausen wurde 1560 durch den Baumeister Jakob Kölling für die Eheleute Börries von Münchhausen (1515-1583) erbaut. Die Wasserburg wurde im 18.
Jahrhundert durch einen Fachwerkbau erweitert und ist bis heute ein Wohnsitz der bereits seit 1370 in Apelern ansässigen Freiherren von Münchhausen.

Als nächstes ist das Adelsgeschlecht derer von Hammerstein hier beheimatet. Das Schloss Hammerstein, ursprünglich Teil des Münchhausen`schen Besitzes, erbaut 1590 durch Anton Wietersheim, befindet sich seit 1973 im Besitz des Freiherren von Hammerstein-Gesmold.

Die Ortsteile Soldorf und Kleinhegesdorf wurden 973 erstmals urkundlich erwähnt. Lyhren und Reinsdorf folgten 1182.
Bei der Teilung der Graftschaft Schaumburg 1648 wurden alle Ortsteile dem Kurfürstentum Hessen angegliedert und bildeten eine Exklave zum fernen Kassel. Diese bestand bis 1932.
Am 01. März 1974 wurden die Ortsteile Groß Hegesdorf, Kleinhegesdorf, Lyhren, Reinsdorf und Soldorf in die Gemeinde Apelern eingegliedert.

Das Wappen der Gemeinde Apelern zeigt einen goldenen Bischofsstab vor einem stilisierten Apfelbaum mit roten Blättern und Äpfeln in einem weißen Feld.